Signalé comme « chapelle de Lescogan » sur le cadastre de 1837, l’édifice est placé sous le vocable de Saint-Conogan. Il semble avoir été bâti en deux temps si l’on prend en compte la façon dont le bras sud du transept chevauche les portes méridionales.

Les parties les plus anciennes dateraient, selon les enquêteurs de l’Inventaire Général, du 16e siècle. La date de 1655 portée sur une poutre (aujourd’hui disparue) renverrait donc à une restauration ou modification (ajout du transept ? couverture de l’édifice ?)

La chapelle, comme le rappelle un panneau situé à l’entrée du site, a été restaurée en 1988 et 1989 avec le concours des riverains. Les interventions ont consisté en la rénovation de la toiture, de la voute, de l’enduit intérieur et de la réalisation de nouveaux vitraux par l’atelier Le Bihan de Quimper. Notons qu’à l’occasion des travaux, un document a été découvert faisant mention d’une précédente restauration qui eut lieu au début du 20e siècle.

Plus tard, en 1999, la fontaine Saint-Conogan qui se trouvait dans une prairie a été déplacée dans l’enclos à l’est de l’édifice.