Partie basse de la tour du clocher du 15e siècle. Nef avec baies datables de la limite du 15e siècle 16e siècle. Remaniements importants et changement d'orientation en 1898. Vitraux signés Merklen Angers 1922. Sacristie du 20e siècle.

(enquête thématique départeme Orain,enquête thématique départementale,1994)

En 1211, Saint-Jean-sur-Vilaine était déjà érigé en paroisse comme en témoigne la donation de la terre de Alfred Coisnon et le fief de Jean Coileifort par André Bute aux Templiers in parochiâ de Sancti Johannis Super vicenoniam. Dès l’année 1563, il y avait en la paroisse de Sainct Jean sur Villaigne quelques hommes et vassaux sous la juridiction du Temple de La Guerche. En Août 1681, lors de la réformation des domaines de Bretagne, la paroisse dépend du Temple de Venefle, membre de la commanderie du Temple de La Guerche. D’après la déclaration du Temple de La Guerche faite la même année, les hommes et sujets de Saint-Jean-sur-Vilaine ne devaient ni rentes, ni argent, ni grain, (…) mais des Pater Nostre et Avez Maria le vendredi St pour leur S° commandeur. Le commandeur ne semblait posséder aucune prétention sur l’église Saint-Jean-Baptiste qui était en dehors de la juridiction de la commanderie de La Guerche dès les aveux du XVIe siècle.

(Stéven Lemaître, enquête thématique régionale, 2016)