La paroisse actuelle de Plounérin est créée en 1425.

De l'église de cette époque il ne reste rien mais le 12 octobre 1679, les commissaires décrivent cette église des 15e et 16e siècles : "Les armes des familles Bruillac, Meur, Menou, Quelen, Hemeury, Kercabin, Le Rouge, Kergariou ou Kerepol, [...] Dans l´aile sud du faux transept de l´église du 15e siècle, il y avait la chapelle de Bruillac suivie de la chapelle de Sainte-Anne dite aussi la chapelle de Lesmoualc´h formant la première travée du bas-côté et éclairée par deux verrières. La chapelle suivante du bas-côté était dédiée au Rosaire et appartenait aux Le Rouge". L´église possédait un chevet à noue multiple de type Beaumanoir, daté de 1503. Après l'agrandissement de la paroisse (au-delà du Yar) l'église jugée probablement trop petite ou trop vétuste est reconstruite en 1686. En 1758, une lettre du prêtre Guerson à Mademoiselle Quermarquer signale le mauvais état des chapelles dans l´église.

L´église actuelle est construite entre 1873, date de la souscription (sous le pontificat de Pie IX : armes sur la façade ouest) et 1887, d´après les plans de l´architecte Alain Lageat de 1868, par François Thos maçon, Julien, Pierre et Joseph Thoz tailleurs, Pierre le Corre menuisier, François Guillou carrier et Jean-Pierre Kirzin carrier. Alain Lageat architecte et entrepreneur de Lannion a réalisé les plans des églises de Plestin-les-Grèves en 1832, de Tonquédec en 1835, de Buhulien en 1840, de Ploezal entre 1841 et 1858 et de Trébeurden entre 1849 et 1852. Il s´est inspiré de l´église de Plounérin pour réaliser les plans de l´église conventuelle de Bégard. Architecte départemental des Monuments historiques, il travaille avec Viollet Le Duc, dont il subit l´influence ("médiévisme romantique") et assure la restauration de nombreux édifices en Côtes d´Armor.

La construction de la nouvelle église est financée grâce aux dons des commanditaires : le vicomte Le Corgne (1799-1860) et Stéphanie de Quelen, sieur et dame de Kerigonan (1802-1887). Leurs tombes sont situées juste devant la croix de mission érigée par Stéphanie de Quelen en souvenir de son défunt mari. Leurs armes sont visibles sur un vitrail su choeur, au-dessus de la porte ouest et dans leur enfeu situé dans le bras sud du transept. Le Corgne possède un blason "d´azur au lion léopardé d´or accompagné en chef de deux leurs de lis du même support deux lions au naturel" et une devise "spes et fortitudo" (espoir et courage), tandis que Stéphanie de Quelen possède un blason "burelé de gueules sur argent de dix pièces" et comme devise "En peb amzer Quelen" (En tout temps Quelen). Les commanditaires financent la nouvelle construction à hauteur de 15 000 F. aidés par la paroisse pour 11 733 F. et 7784 F. en équivalent journées soit un coût total de 34 517 F. équivalent aujourd´hui à 472 305 euros.

Des malfaçons constatées dès le début du 20e siècle, obligent les conseils municipaux successifs à réaliser de nombreuses restaurations. Des premiers travaux ont lieu entre le 1er décembre 1919 et le 3 janvier 1920 avec une réfection de la façade ouest et du transept ainsi qu´une intervention sur la voûte du porche. En 1921, des travaux sont opérés sur la charpente des cloches.

Entre 1949 et 1958, on note plusieurs interventions sur les vitraux en raison des mouvements de maçonnerie. En 1990, le beffroi en bois est remplacé par un beffroi en acier fixé à une dalle en béton armé coulée dans la chambre des cloches, transmettant ainsi les vibrations de la mise en volée.

En 1986 et en 2001 les vitraux sont à nouveau restaurés.

En 1992, 1996 et 2001 la toiture fait l´objet de réfection.

2004 : arrêt de la sonnerie des cloches en raison de la fragilité du clocher.

Le 10 juillet 2007 un arrêté municipal impose la fermeture de l´église.

Le 20 juin 2010 un référendum consultatif est organisé par le maire auprès de la population de Plounérin. Les habitants plutôt que la destruction choisissent la restauration.