Le village de Saint-Aubin est en toute vraisemblance l'ancienne villa Auberi donnée au cisterciens de l'abbaye de Saint-Aubin-des-Bois en 1167. Le village est traversé par une voie de communication importante reliant les communes d'Erquy et La Bouillie dans un axe nord-sud. La route coupe l'ancienne voie romaine du Chemin Chaussée. Sa situation stratégique constitue, pour les religieux, un relais important entre leurs possessions plus au sud et La Moinerie des Hôpitaux sur le littoral.

Possible implantation d'une grange monastique dans la seconde moitié du 12e siècle, le village est rattaché à la grange de Saint-Quéreuc entre la 2ème moitié du 13e siècle et le 14e siècle. Le cartulaire de l'abbaye de Saint-Aubin-des-Bois indique, en effet, devant les chartes concernant le village, la mention de Sancto Carroco qui désigne un remembrement du temporel monastique sur le secteur.

Le domaine est aliéné sans doute entre la fin du 14e et le 15e siècle et Jean-Pierre Le Gal La Salle indique que le village relève alors de la seigneurie de La Ville Pépin Quelennec en Erquy.