L´origine du moulin remonte au 15e ou au début du 16e siècle. Propriété de l'abbaye, il est loué en fermage. Le fermier paye des rentes, entretient le moulin et cure l´étang. En 1791, il est vendu comme bien national au Sieur Dulaureus pour le prix de 3 450 francs. Le moulin d'alors est composé d'une écurie et d'une petite maison avec deux meules implantées sur la digue actuelle. En 1830 est construit le moulin qui fonctionne jusqu'au milieu des années 1950. La maison d'habitation, conçue pour héberger les ouvriers, est construite après 1883, date à laquelle Charles Gustave Estrade devient le propriétaire. Le Moulin-mer possède sa cale où arrivait la matière première et d'où partaient les farines. Un rapport des Eaux et Forêts de 1885 indique que 8/10e des 800 à 1 000 sacs de grains de 100 kilos sont acheminés par mer. Le Moulin était utilisé par les populations de Logonna, du Faou, du Fret, de Daoulas et de l'Hôpital-Camfrout, de la presqu'île de Crozon et de Châteaulin : soit les communes reliées par l'Aulne. Le moulin est racheté par la famille Le Doaré en 1934. Durant le 20e siècle, un moteur fonctionnant au charbon complète l'énergie marémotrice. En 1948, le moulin fonctionne à l'électricité. Détruit en partie par un incendie en 1956, il n'a pas été reconstruit. L'activité de minoterie a cessé peu à peu et a été remplacée par une activité d'élevage de truites. Ne subsiste aujourd'hui que le logement d'habitation, le rez-de-chaussé et le premier niveau de l'ancien moulin, les vannes et quelques mécanismes.