Le moulin de Mol-Kerjan se situait vers le fond de la ria Conquet, à l’extrémité d'une digue rectiligne qu'il flanquait en aval. Aujourd'hui on peut encore voir ce qui semble correspondre à l'ancienne maison du meunier, très remaniée, et des vannes dans la digue qui devraient correspondre aux sorties d'eau. L'observation des sillons dans la vase sur les photographies aériennes datant des années 1950 laissent penser que la porte mer devait se situer près de l'autre extrémité de la digue. Aujourd'hui encore il existe une ouverture dans la digue à cet endroit.

Sur une ancienne photographie datant de 1940 environ, on peut observer que la façade aval du moulin est en pierre de taille tandis que le reste est en moellons de granit, le bâtiment devait probablement être déjà très remanié à cette époque. Cette façade comporte également la porte d'entrée dont l'encadrement est sculpté ainsi que trois fenêtres qui sont assez grandes pour ce type de construction. Elles suggèrent une fonction d'habitation pour le moulin, comme l'indique également la cheminée qui se devine sur le pignon nord du bâtiment. Le toit en ardoises comporte un coyau et accueille deux lucarnes dont le fronton est surmonté d'une sphère en pierre.

Le moulin de Mol-Kerjan fonctionnait avec une roue horizontale (retrouvée dans la vase dans les années 2000), aussi appelée pirouette et considérée comme l'ancêtre de la turbine. Dans ce cas, l'objet est particulièrement remarquable puisqu'il est taillé d'un seul tenant dans un tronc d'arbre. Il est conservé dans les archives du musée des Amis de Saint-Mathieu à Plougonvelin.