Le moulin à marée du Moulin mer était une des propriétés de la famille Rosmorduc avant la Révolution française. La description qui en est faite, avant sa vente comme bien national en 1798, indique un moulin en mauvais état : "effectivement de nulle valeur, sans toiture, charpente, fenêtres, portes et sans espèces d'ustensiles, que la maçonnerie [était] lézardée et prête à crouler" (1793-1794). Au début du 19e siècle il appartient à M. Labiche, puis après son décès en 1824, ses petits enfants, messieurs Halligon, Samson et Vignoboul font élevé "à frais communs plusieurs bâtiments pour améliorer et étendre leur exploitation", soit un moulin à vent, un grand magasin à blé en face de la cale de débarquement, une grange, une écurie, un jardin, un verger, un magasin, un hangar, une maison et le moulin (1830-1840). Moulins à céréales, le moulin à marée et le moulin à vent font travailler 6 ouvriers. En 1850, après des transformations, le moulin devient minoterie et son activité est quasi industrielle.

Lors d'une vente entre les deux familles propriétaires Halligon et Vignoboul, le document enregistré aux hypothèques le 26 avril 1858 précise que la minoterie consistait en : "bâtiments pour l'usine, mécanisme composé de dix paires de meules et accessoires, magasins annexés à l'usine, autre magasin séparé, maison d'habitation, forge, écuries, remises, jardins, terres, bois, charrettes, chevaux, deux sloops, une petite construction ayant pour destination un moulin à vent, mais actuellement dégarnie de tout mécanisme intérieur et extérieur, vaches, mobiliers et généralement tout ce qui garnit le dit moulin et ses dépendances... Ce moulin [avait] pour moteur une turbine hydro-pneumatique de la force de 60 ch, mise en mouvement par l'eau de la mer."

La production de farine quittait le site soit par route (moulin-mer étant bien desservi par la route menant au bourg de Logonna-Daoulas), soit par voie maritime : cale et quai sont présents. La minoterie possédait deux voiliers pour le transport, des sloops, dont l'un se nommait Les Trois Cousines.

Une briqueterie, un poste de douane, une criée et une carrière de pierre complétaient ce site industriel et économique de la commune.

Alors que l'activité économique des moulins à marée en Bretagne perdure jusqu'aux années 1930 environ, le moulin à marée de Logonna-Daoulas est en faillite en 1885. Vendu en 1885, le moulin cesse toute activité de minoterie. Transformé en centre d'accueil des réfugiés en 1939, il est occupé par l'armée allemande durant la Seconde Guerre mondiale et devient un hôpital pour officiers allemands. En 1945, il accueille le centre d'instruction des élèves officiers de Réserve de la Marine. Dans les années 1950, les mécanismes de la minoterie sont démontés. Puis, dans les années 1960-1970, il est transformé en dancing et restaurant.

A l'abandon depuis plusieurs années, sa réhabilitation est difficile. Un seuil permet tout de même à l'étang de retenue, soit l'ancienne anse, de rester en eau lors des grandes marées, permettant une lecture paysagère et une compréhension de ce site.