Les différents relevés, plans au sol et à l´étage, coupes longitudinale et transversale, ainsi que la couverture photographique faits en 1968 et 1969, apportent un commencement d´explication à cette hétérogénéité d´autant plus déconcertante que l´édifice est de dimensions relativement modestes. A l'ouest du logis, subsiste alors un corps en rez-de-chaussée, en colombages, qui se poursuit en retour d´équerre vers le nord et ferme la cour. Cette partie reconstruite et sommairement raccordée correspondait probablement à l´ancienne métairie du manoir, édifiée en pans de bois.

La confrontation du cadastre de 1812, qui regroupe dans un même lavis rouge les sols de cour et les bâtiments avec celui de 1842 qui distingue le bâti du non bâti fait apparaître une curieuse disposition, liée à l´usage des lieux. L´arrière du manoir, au sud, est occupé par une étroite bande terrain qui sert de cour, une autre bande, à l´est, servant de jardin pour le fermier. La limite entre ces deux parcelles, nettement décrochée sur le plan permettait un accès par l´angle le long du pignon est du logis. Les archives citées par Pocquet du Haut Jussé signalent en 1661 la bénédiction d´une chapelle nouvellement construite aux Hautes Chalais par le propriétaire Jacques Horville sieur de Launay, procureur au Parlement. Cette création s´accompagne sans doute alors d´une restructuration massive de l´environnement du logis. L´ancienne cour du manoir devient une basse-cour à l´usage de la ferme. Probablement aussi, un ancien jardin, situé à l´est lui est annexé pour servir d´aire à battre. C´est sans doute à cette époque qu´est construite la tour d´escalier plaquée contre la façade sud, en remplacement d´un escalier en vis en bois intérieur originel (Le décalage d´une ancienne porte de communication dans un refends à l´étage atteste l´existence de cette disposition primitive). Le profil du toit de cette tour effilé à l´excès, son coyau accentué, la récupération de matériaux perceptible dans ses baies et la mise en oeuvre de sa vis à marches et contre marches ne permettent pas de la dater avant le milieu du 17e siècle (des exemples semblables, également du 17e s´observent autour de Rennes, comme celles ajoutées à l´arrière des anciens manoirs de la Noé d´Etole à Châtillon-sur-Seiche ou de Bourg-Chevreuil à Cesson-Sévigné. Ces tours d´escalier tardives, construites en maçonnerie ou en terre, signalées par Philippe Bardel, sont couvertes de toits coniques au profil outré du à l´absence de fermes et de plans d´enrayure. Les chevrons sommairement assemblés « en tipi », sans poinçon, entraînent l´emploi d´un coyau très accentué qui donne à ces toiture un profil cassé caractéristique). La façade du logis est ainsi retournée et ennoblie ; une nouvelle cour, en longueur est aménagée entre celle-ci et le jardin au sud, disposition encore présente au début du 19e siècle. C´est sans doute là l´explication des contreforts cylindriques du pignon est : ces chasse-roue géants et ornementaux, complétés par un troisième figuré sur le plan de 1842 marquaient de façon symbolique le nouvel accès au logis par la cour arrière, ainsi qu´à son jardin, réservés au propriétaire.

A la fin du 17e siècle, le manoir est loué au fermier (bail de 1698 consenti par René Rio sieur de Beaupré notaire et procureur au présidial de Rennes, au nom de sa fille mineure héritière de La Haute-Chalais ; Ce bail mentionné par Pocquet du Haut Jussé sans référence d´archives, a sans doute été trouvé dans un fonds privé), le propriétaire s´y réservant une chambre de retenue à l´étage. Un escalier droit, aujourd´hui disparu est alors plaqué à l´ouest de la tour pour permettre une distribution indépendante ; la porte actuelle ouvrant sur le vide trouve là son explication (cette disposition se retrouve dans plusieurs édifices rennais comportant une chambre ou un étage de retenue, comme celui de la Héronnière). Cette cohabitation relative dut s´étendre au 18e siècle à un troisième occupant si l´on en croit le percement d´une autre porte au pied de la tour, permettant l´usage de l´escalier en vis sans passer par la salle basse et la desserte à l´étage d´une deuxième pièce garnie de boiseries, contre le pignon est.