Il est permis de penser que le village de Kerhouarn regroupait autrefois les habitants d'une maladrerie, placée au Moyen-Age sous le patronage de la Madeleine dont la chapelle se trouve un peu à l'écart au sud. En effet, jusqu'au 19e siècle, les descendants de familles de lépreux, maintenus à l'écart de la population, vivaient dans des villages situés au confins de la paroisse comme c'est le cas pour Kerhouarn. Sur les cadastres napoléoniens de 1810 et de 1845, une dizaine de bâtiments sont disposés selon un shéma rectangulaire autour d'une place centrée sur le puits et le four villageois, en place aujourd'hui. En fonction de leur emplacement autour de cet espace commun, les bâtiments sont orientés au nord, au sud ou à l'est. La présence d'un parcellaire laniéré aux abords immédiats du village est peut-être la trace d'une exploitation collective des terres.