La chapelle a été établie sur l'ancienne voie romaine qui menait à la villa romane de Mane Vechen : peut-être a-t-elle remplacé un lieu de culte antique. Elle occupe aujourd'hui le centre du village de Locquénin, le long de la voie de desserte qui mène au Magouer. Elle adopte un plan en T irrégulier, en raison d'un agrandissement ayant modifié le changement de construction.

La première nef est un vestige de l'origine romane du bâtiment. Orientée est ouest, elle était dotée à l'origine de deux bas-côtés, dont seul celui du nord a subsisté séparé de la nef par des arcades à piles carrées et tailloirs, arcs fourrés en plein cintre à claveaux rayonnants. A l'ouest la fenêtre en arc brisé date du 15e siècle et a pu remplacer une porte ; cependant, on peut penser que la porte principale était dans le mur sud, détruit comme le collatéral sud lors de l'agrandissement. Dans le mur est aujourd'hui aveugle, se voit à l'intérieur la trace d'une ancienne fenêtre bouchée désaxée qui devait éclairer le bas-côté nord. La nef se prolongeait par un chœur sans bas-côtés peut-être créé au 18e siècle, devenu la sacristie lors de la transformation de 1924 : la porte d'accès a prolongé une fenêtre du 18e siècle. Les murs intérieurs de ce premier vaisseau sont aujourd'hui désenduits.

Le plan d'origine de cette chapelle était donc proche de celle de Saint-Cado en Belz : nef à trois vaisseaux, chœur à vaisseau unique. Cependant le chœur roman a disparu et on ne peut préjuger de son état d'origine.

Malgré des transformations qui l'ont dénaturée, Loquénin reste un des édifices témoins d'une intense période de construction religieuse dans le territoire de la Ria d'Etel et dont la plupart ont disparu au 19e siècle sous l'impulsion des recteurs et de l'augmentation massive de la population.