A partir du milieu du 17e siècle, le moulin de Mordelles dépend du domaine seigneurial d'Artois. Un procès verbal de 1800 dévoile l'état de conservation très médiocre du moulin et précise que l'administration centrale du département d'Ille-et-Vilaine a réalisé des réparations aux ouvrages régulateurs de l'usine. Ce dernier mentionne l'existence de meules d'1 m de diamètre, d'une grande roue, d'un rouet et de marbres. "Cet ensemble, ainsi que tout ce qui entoure les meules, est usé par le travail, le moulin est dans le plus dangereux état de vétusté et en partie écroulé.". En 1858, la comtesse de Rochemure, propriétaire du moulin de Mordelles et du château d'Artois, demande l'autorisation d'établir une minoterie. En 1883, le vannage de décharge, en bon état, se compose de huit vannes. Il existe également deux vannes motrices, une petite qui met en mouvement le petit moulin à farine et une grande qui actionne la minoterie. Le régime des eaux est réglementé par arrêté préfectoral du 3 mai 1884. En raison du refus de la comtesse de Rochemure de se soumettre aux prescriptions de l'arrêté, une longue procédure aboutit, en 1891, à une notification de mise en chômage de la minoterie, qui ne sera effective que le 26 mai 1893. En 1892, destruction par un incendie du petit moulin annexé à la minoterie. Le décès de la comtesse de Rochemure permet d'entrer dans une nouvelle phase de négociations. Les héritiers copropriétaires du moulin s'engagent à exécuter les prescriptions de l'arrêté dans un délai maximum de deux ans. La cessation de mise en chômage du moulin a lieu le 2 juillet 1894. En 1909, la quantité de blé moulu dans une année s'élève à 990 q. Le 4 novembre 1922, constitution d'une société en commandite simple inscrite sous la raison sociale Hubert-Baudais et Cie. En 1923, le propriétaire et commanditaire de la société, Bourgeois du Marais, procède à la réfection des appareils hydrauliques et des ouvrages de décharge. La minoterie cesse son activité en 1971. En 1883, le moulin possède deux roues hydrauliques et une chute d'eau d'1,52 m. En 1902, mention d'une chaudière à vapeur qui présente une surface de chauffe de 19,5 m2, et est timbrée à 6 kg. En 1909, le moulin cumule l'énergie hydraulique et la vapeur, le tout actionnant trois paires de meules. Une roue hydraulique verticale est toujours en place.

(M. Gasnier, inventaire thématique "Inventaire du patrimoine industriel d'Ille-et-Vilaine", 1999)

L’ancien moulin de Mordelles dépendait de la châtellenie de Beaumont. Il est vendu en 1648 à René de la Porte, seigneur d’Artois. En 1798, un procès-verbal estimatif de la nature et consistance de la terre d’Artois et de ses dépendances est établi pour attribuer à la République les biens provenant de la succession de Marie-Sophie Rousselet de Châteaurenault, dame d’Artois et comtesse de Crozon. Le moulin de Mordelles y est mentionné ainsi que son mauvais état de conservation. Non vendu en tant que bien national, le moulin est restitué aux héritiers le 20 février 1800.

Le moulin est loué à la famille Bohuon de 1808 à 1922. Au milieu du 19e siècle, le moulin est transformé en minoterie. Plusieurs fois mis en vente, l’établissement industriel est finalement acheté par Joseph Hubert et Anne-Marie Morlais le 27 mars 1925 à Arnauld Bourgeois du Marais, également propriétaire du château d’Artois à Mordelles. La minoterie cesse son activité en 1971.

En 2013, une demande de permis de construire pour réhabiliter les bâtiments existants a été accordée à la famille Hubert propriétaire du moulin. Les travaux ont été confiés à Eric Drouart, architecte spécialisé dans la restauration des moulins et président de l'ASMB (Association de Sauvegarde des Moulins de Bretagne). La longère accueille désormais une maison d'habitation et des salles de réunion. Le bâtiment du moulin accueille quant à lui des chambres d'hôtes.

(J. Huon, inventaire topographique, 2017)