L'ensemble du maître-autel a été édifié sous l'administration de Marguerite d'Angennes, abbesse de Saint-Sulpice entre 1609 et 1662. Il a été fortement transformé au 18e siècle : mise en place du retable-lambris, en réutilisant les tableaux et les éléments de décor sculpté (chutes de fleurs) du 17e siècle ; à la fin du 19e siècle : percement de la porte de la sacristie, installation de statues sur des culots, de part et d'autre du tableau central, aménagement de faux autels latéraux sous les tableaux, avancement de l'autel. L'oeuvre a été restaurée à la fin du 20e siècle : reprise générale de la peinture et de la dorure.