A l'origine utilisée comme terrain agricole, l'Île des Morts, d´une superficie de 7 hectares et située dans la Baie de Roscanvel, entre le fort de Quélern et l´Île-Longue, fut réquisitionnée par l´armée dès 1690. Les marins malades mis en quarantaine sur l'Île Trébéron voisine étaient enterrés dans des fosses communes creusées dans la partie méridionale de cette île lorsqu'ils mouraient. Au début du 19e siècle, elle fut choisie, à l´initiative du Ministre de la guerre Truguet, pour abriter la nouvelle poudrière que réclamait la Marine. En effet, depuis le 18e siècle, l'approvisionnement en poudre de l'Arsenal de Brest se faisait depuis la poudrerie de Pont-de-Buis depuis l'île d'Arun, à l'embouchure de l'Aulne. Ainsi, entre 1808 et 1814, On confia à l´ingénieur Jean-Nicolas Trouille la direction des travaux. Ce chantier d´importance imposa de niveler le sommet microgranitique de l´île pour y établir trois magasins à poudre. On fit venir du bagne de Brest plusieurs centaines de forçats astreints à la « grande fatigue ». La Marine construisit également une caserne, plusieurs cales (entre 2 et 6 selon les sources) et une digue en pierre. On combla aussi la grève du côté est pour créer une zone portuaire ou s´opéraient le chargement et le déchargement de la poudre venue de la poudrerie de Pont-de-Buis. En 1868, avec l'arrivée du chemin de fer à Brest, la Marine décide la construction d'une nouvelle poudrière à Saint-Nicolas, à Guipavas. L'île des Morts reste toutefois utilisée pendant les deux guerres mondiales. Ainsi, durant la Seconde guerre mondiale, les Allemands réoccupent le site pour le stockage des munitions. Des vestiges de voie ferrée « Decauville » datant de cette époque sont encore présents. En 1960, les installations sont déclassées. Quelques années plus tard, l'île entre dans le périmètre de protection érigé autour de l'Île Longue et est interdite d'accès.