On ne connaît pas la date précise de création. Il a été dans un 1er temps moulin à farine. Il devient moulin à papier en 1635. Il est fondé par Julien Cordier, papetier normand, qui a déjà fondé le moulin à papier de Glaslan, sur Pleyber-Christ (1629). Le propriétaire du moulin est le seigneur Yves de Coatanscour.
En 1776, le fabricant de Pont Pol est M. Thépaut : Pont Pol dispose d'une roue, d'une cuve et de cinq piles à maillets (3000 à 3300 rames de papier/an). En 1808, Pont Pol travaille pour FM Andrieux qui va faire passer la fabrication de papier dans l'ère industrielle dans les années 1830. Les petits moulins vont changer peu à peu d'affectation.
Pendant une courte période, Pont Pol devient un moulin à pierres.
En 1846, Pont Pol devient l'une des premières usines à teiller le lin de la région, en relation avec la Société linière du Finistère créée à Landerneau pour relancer la filière du lin. Il est incendié en 1849. En 1850, Pont Pol est agrandi pour faire face à l'augmentation de la production de lin. Pont Pol est l'un des rouage essentiels de la Société Linière du Finistère qui emploie 3000 ouvriers en 1865. La Société décline face à la concurrence des toiles anglaises, belges, de Lille (...), à la suppression de la voile dans la marine et à la diminution de l’approvisionnement en toile de l’armée et des prisons. La Société ferme en 1892. Pont Pol est inactif pendant quelques années. Il subit des incendies en 1934 et 1948.
Le moulin à teiller cesse de fonctionner en 1953.
Le moulin de Pont Pol est aujourd'hui la propriété de la commune de Plourin-lès-Morlaix.