Comme le quartier de la Houle, le port ne prend réellement son essor qu'au 19e siècle. Très enclavé, il est peu porté au commerce et la venue du tramway reliant Cancale à Saint-Malo sur les quais entre 1898 et 1947 - il arrivait par l'actuelle route panoramique au sud - ne change rien. L'activité portuaire est essentiellement tournée vers la pêche, celle de l'huître d'abord. Le mollusque, abondant de la baie du Mont-Saint-Michel, permet aux armateurs cancalais de s'enrichir suffisamment dans la première moitié du 19e siècle pour se lancer dans la grande aventure de la pêche sur les bancs de Terre-Neuve. Le port compte 12 navires terre-neuviers en 1891, 43 en 1912. Entre 1850 et la Première Guerre mondiale, il vit une sorte d'apogée durant laquelle il connaît de nombreuses améliorations. On accroît la sécurité : un phare est construit en 1862 pour réglementer un trafic grandissant. On réforme la circulation terre-mer. Les anciennes rampes d'accès à la grève (courantes dans les ports d'échouage) sont remplacées par des ouvrages maçonnés : la cale du quai de l'administrateur en chef Thomas entre 1848 et 1852 ; très fréquentée par les fermiers pour récolter goémons et varechs, la cale de la Ville-ès-Gidoux au sud en 1862 (reconstruite en 1968) ; la cale des Parcs au nord en 1862 (reconstruite dans les années 1970). On augmente les structures de débarquement : prolongement de la cale de l'Épi en 1884 ; construction d'une cale sur le rocher de la Fenêtre en 1871, remplacée par une jetée en 1897. On développe les structures industrielles et artisanales : érection d'une halle à poissons en 1898 ; installation d'une cale de construction en 1845 (sur la grève au niveau du parking entre la place de la Chapelle et la halle à marée).

Les années 1910 marquent un tournant du port de pêche de la Houle. Les terre-neuvas préfèrent ses concurrents de Saint-Malo et Saint-Servan plus modernes (meilleurs services, plus grand tirant d'eau, facilité d'accès, etc.) et l'huître se raréfie. Parallèlement, l'industrie touristique prend son essor imposant des changements radicaux. Les régates, commencées dans la baie dès 1842, attirent la foule mais les chantiers navals sont jugés néfastes. Cantonnés jusqu'en 1898 sur la cale de construction et au pied de la cale de l'Épi, ils ont peu à peu envahi le quartier. Fragilisés par le déclin de la pêche, le tourisme achèvera de les faire disparaître à la fin des années 1920.

Le port a trouvé aujourd'hui un équilibre entre ces trois activités : la pêche (le port compte quelques chalutiers et caseyeurs), l'ostréiculture (débutée dès 1880) et le tourisme.